法医病理学室成立于1988年，自2002年起得到快速发展，是2010年被中央政法委遴选为选十家国家级司法鉴定机构的专业。受理全国公、检、法、司委托的尸体解剖、尸表检验及文证审查等法医病理学鉴定，以及卫生行政部门、医院和死者家属共同委托的医疗纠纷尸体解剖鉴定（暂不受理传染病病人或疑似传染病病人尸体解剖案件）。本室法医病理学鉴定人在长期承办各类法医病理学鉴定工作中，积累了丰富的经验，具有承担各类重大、疑难案件的实力。根据法医病理鉴定业务要求，法医病理学室设有对外接待区、法医病理实验室、法医病理会诊室、法医病理学远程会诊中心，尸体检验中心设于北京市东郊殡仪馆解剖间、北京西郊存尸中心解剖间。

目前平均每年完成法医病理司法鉴定案件300余例。其中，全国各地死亡原因重新鉴定案件、疑难复杂案件的比率较高。